Theo các văn bản trên, cơ cấu tổ chức của Quỹ PCTT tỉnh Kon Tum bao gồm: Cơ quan Thường trực Ban Chỉ huy Phòng, chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn là Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, có nhiệm vụ giúp UBND tỉnh trong công tác quản lý hoạt động của Quỹ; Cơ quan quản lý gồm có: Giám đốc, Phó Giám đốc, Kế toán và bộ phận giúp việc(Giám đốc Quỹ là Phó Giám đốc Sở NN-PTNT - Chánh Văn phòng Ban Chỉ huy PCTT và tìm kiếm cứu nạn tỉnh; Phó Giám đốc Quỹ là Phó Chánh Văn phòng Ban Chỉ huy PCTT và tìm kiếm cứu nạn tỉnh; Kế toán và bộ phận giúp việc được sử dụng nhân lực của Văn phòng Ban Chỉ huy PCTT và tìm kiếm cứu nạn tỉnh, làm việc theo chế độ kiêm nhiệm). Trụ sở làm việc của Quỹ đặt tại Văn phòng Ban Chỉ huy PCTT và tìm kiếm cứu nạn tỉnh.
UBND tỉnh ủy quyền UBND cấp huyện tổ chức thu Quỹ các đối tượng được quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 8 Nghị định số 94/2014/NĐ-CP ngày 17/10/2014 của Chính phủ đứng chân trên địa bàn; UBND cấp xã tổ chức thu Quỹ các đối tượng được quy định tại khoản 3 Điều 8 Nghị định số 94/2014/NĐ-CP đứng chân trên địa bàn và nộp vào tài khoản cấp huyện. Về quản lý thu, Thủ trưởng tổ chức kinh tế hạch toán độc lập có trách nhiệm nộp Quỹ theo định mức được quy định tại khoản 1 Điều 5 Nghị định số 94/2014/NĐ-CP; Thủ trưởng cơ quan, tổ chức có trách nhiệm thu của cán bộ, công chức, viên chức, người lao động, cán bộ, nhân viên trong lực lượng vũ trang thuộc phạm vi quản lý; UBND cấp xã tổ chức thu của các đối tượng lao động khác trên địa bàn (trừ các đối tượng đã thu trên). Cá nhân nộp một lần trước 30/5 hằng năm; tổ chức kinh tế hạch toán độc lập nộp tối thiểu 50% số phải nộp trước 30/5, số còn lại nộp trước 30/10 hằng năm.
